Costituita nel 1975, come aspetto agonistico del Comitato Provinciale U.I.S.P. di Siena, si è confermata nel 1980 quando le dirigenze, la F.I.N. provinciale e le pubbliche istituzioni sono riuscite a convogliare in un'unica struttura le realtà agonistiche operanti nel settore.

Da quella data, anche se con variazioni nella denominazione, ha sempre operato nell'attività agonistica natatoria organizzata sia dalla F.I.N. che dall'U.I.S.P. ai quali è stato ininterrottamente affiliato fin dal 1975, per alcuni periodi ha preso parte anche al Campionato organizzato dall'A.I.C.S..

Con il tempo le relazioni con gli Enti di promozione sportiva che l'avevano generata si sono progressivamente esauriti ad esclusione di quelli con l'U.I.S.P., con il quale, anche se sotto varie forme, sempre si sono mantenuti contatti. Dall'anno 2001 si è rivitalizzato il rapporto esemplificato dall'art. 1 dello Statuto "La "SIENA NUOTO U.I.S.P.a.s.d." è un’associazione sportiva dilettantistica, che organizza l’attività agonistica natatoria in tutte le sue forme per conto del Comitato Provinciale U.I.S.P. di Siena."

Con l'inserimento della nuova realtà è iniziata anche la progressiva espansione degli interessi in altri settori oltre quello del nuoto agonistico. Sotto il nome del SIENA NUOTO UISP a.s.d. si gareggerà anche nella pallanuoto, nel settore master ed in quello del nuoto sincronizzato e dal 2005 si è iniziata l'attività anche nel settore del triathlon.